2009 年第2 期教育部《高校哲学社会科学工作简报》发表专文《教育部人文社会科学重点研究基地积极服务地方文化建设成效显著》，文中再一次表扬闽台区域研究中心2005年编辑出版的大型重要历史文献《台湾文献汇刊》，指出：“地方文化是中国传统文化的重要组成部分，深入研究、大力保护和弘扬地方文化，对建设中华民族共有精神家园具有重要意义。”“福建师范大学闽台区域文化研究中心收集珍藏2 万余册极具闽台区域特色的历史文献资料，同时汇聚校内外研究力量，编撰完成百卷《台湾文献汇刊》，为勾勒台湾历史文化发展变迁，揭示两岸不可分割的文化渊源关系，提供了最原始、最有力的证据。该丛书被胡锦涛主席2006 年访美时作为礼品赠送耶鲁大学。”作为全国151个人文社会科学重点研究基地之一的闽台区域研究中心“深入挖掘地方文化资源，积极开展特色研究和田野调查研究，主动为地方文化建设建言献策，为地方特色文化和少数民族文化的研究、保护、弘扬与发展做出了积极的贡献。”
此前，《台湾文献汇刊》编辑出版工作已经连续3次获得教育部的肯定和赞扬。分别是：第一次，2006年7月李卫红副部长在全国高校哲学社会科学科研工作会议中指出：“福建师范大学、厦门大学联合编撰的百卷《台湾文献汇刊》面世后，在海内外引起较大反响，胡锦涛总书记2006年4月出访美国时把该书作为代表性图书赠送给耶鲁大学。”第二次，2006年11月李卫红副部长在全国地方高校哲学社会科学科研工作会议上指出：“‘十五’期间，地方高校的哲学社会科学在基础文献与历史文化研究方面，出版了一批有重要价值的学术力作。福建师范大学等单位斥百万巨资精心编辑出版的百卷《台湾文献汇刊》，具有很高的史料价值和研究价值，为揭示台湾历史发展变迁，揭示两岸不可分割的文化渊源关系，提供了最原始、最有力的证据。”第三次，2007年7月教育部《高校哲学社会科学工作简报》第6期指出：高校哲学社会科学“积极为繁荣社会主义先进文化做贡献。由福建师范大学、厦门大学联合编撰的百卷《台湾文献汇刊》面世后，在海内外引起强烈反响。《汇刊》完整辑录了体现台湾与祖国大陆渊源的档案资料，是揭示两岸密不可分的历史文化渊源的有力证据，填补了台湾历史文化研究在文献资料建设方面的一项空白。胡锦涛总书记2006年4月出访美国时把该书作为代表性图书赠送给耶鲁大学。”